História homeopatie siaha do 5.storočia pred naším letopočtom kedy HIPOKRATES – otec modernej medicíny ako prvý sformuloval princíp homeopatie, teda podobné sa lieči podobným. Tento princíp pozná mnoho tradičných kultúr.
V 16.storočí sa zákonu podobnosti venoval aj lekár, alchymista, jeden z naväčších vedcov tej doby PARACELSUS – otec chémie. Veril v presné dávkovanie ,, závisí iba od dávky či je jedom, alebo nie.
Komplexnú homeopatickú vedu vytvoril až nemecký lekár SAMUEL HAHNEMANN (1755 – 1843) a je považovaný za zakladateľa homeopatie. Hahnemann sa narodil v roku 1755 v Meissene v Nemecku, študoval medicínu na Univerzite v Lipsku, Erlagene a vo Viedni a v roku 1779 získal kvalifikáciu v medicíne a chémii. Po ukončení štúdia pôsobil ako lekár na viacerých miestach. Časom bol však sklamaný stavom vtedajšej medicínskej praxe. Vtedajšia medicína nebola natoľko schopná aby liečila choroby tak opustil lekársku prax. Postupne sa začal venovať farmakologickému výskumu a chemickým pokusom. Veľa hľadal, študoval, prekladal vedecké práce a štúdie a podarilo sa mu sformulovať homeopatické princípy. Táto nová metóda sa dostala k pacientom až potom viac ako 10 rokoch. Dovtedy skúšal liečenie sám na sebe. Vzbudil tým veľkú pozornosť a mal veľa priaznivcov i odporcov. Začal publikovať vedecké spisy plné jeho skúseností a myšlienok. Najdôležiťejším spisom je ORGANON liečebného umenia, ktorý bol niekoľkokrát vydaný a postupne preložený do iných jazykov. Hahnemannovi žiaci pokračovali v jeho výskume a spôsobe liečby a vďaka nim sa homeopatia začala šíriť po Európe.
Homeopatia bola veľmi úspešná liečba v 19.storočí kedy boli početné epidémie cholery, týfusu a pod. V tých časoch to bola liečba prominentov a liečili sa ňou rôzne významné osobnosti vtedajšej doby. V tých časoch bol nedostatok zručných lekárnikov, tak boli lekári homeopati nútený si tieto lieky vyrábať sami. Homeopatická liečba bola stále viac a viac populárnejšia a tak po roku 1850 začali vznikať lekárne vyrábajúce výhradne homeopatické lieky. Neskôr sa s týchto lekární stávali laboratóriá, ktoré sa časom zmenili na moderné spoločnosti, ktoré vyrábajú homeopatické lieky doteraz. Napríklad lekáraň REMEDIA v Rakúsku, alebo lekáraň HELIOS vo Veľkej Británii. Počas celého 19.storočia sa homeopatia rozšírila do Spojených Štátov, Indie, Ruska, Južnej Ameriky, Afriky a do ďalších štátov Európy. V dnešnej dobe existuje veľmi veľa odbornej literatúry, škôl a univerzít po celom svete kde sa vyučuje klasická homeopatia. Tieto homeopatické školy sú určené pre lekárov i pre nelekárov. Na Slovensku je na veľmi vysokej úrovni Slovenská akadémia klasickej homeopatie so sídlom v Bratislave, ktorá v priebehu roka organizuje aj niekoľko zahraničných seminárov významných homeopatov dnešnej doby ako napríklad Dr.Jan Scholten,Dr. Franc Swoboda, Luis Klein, Mahesh Gandhi a iní.